Разговоры о создании в Архангельске мощного университетского центра на базе ПГУ и АГТУ ходили уже давно, но только в 2009 году были предприняты решительные шаги в этом направлении.

И вот, указом Президента РФ от 21 октября 2009 года был создан Северный (Арктический) федеральный университет, позже получивший имя М. В. Ломоносова. Но ещё до этой даты, в сентябре 2009 года, по инициативе руководства ПГУ, на советах физического и естественно-географического факультетов обсуждалась концепция создания Института естественных наук ПГУ в результате объединения ФФ и ЕГФ. Возможные варианты были проработаны, намечена структура института, но потом вопрос был отложен до лучших времён.

Процесс объединения ПГУ и АГТУ был долгим и сложным, но всё же 2 февраля 2011 года был подписан соответствующий приказ Министерства образования и науки РФ. В составе САФУ появились новые институты, включающие в свой состав факультеты и кафедры бывшего ПГУ и САФУ. Одним из таких новых подразделений САФУ стал Институт естественных наук и биомедицины, начавший свою работу 1 сентября 2011 года. Так началась новая история естественнонаучного образования в Архангельске.